O final secreto começa com as luzes brilhantes da cidade refletindo em uma poça no chão. Sora acorda no meio de uma rua, deitado na poça. Ele se levanta cambaleando, olha para as mãos e olha ao redor confuso. Da mesma forma, Riku desperta em outra parte da cidade. A cena vai e volta entre Sora e Riku enquanto eles tentam entender o que está acontecendo, com Sora focando no Edifício 104 em uma faixa de pedestres principal, enquanto Riku olha para outro prédio. Riku começa a andar pela calçada enquanto a câmera faz uma panorâmica do prédio que ele estava olhando, revelando que Yozora o está observando. A cena muda para um homem, o Mestre dos Mestres, parado na beira de outro prédio. Ele se atrapalha com os dedos antes de finalmente fazer uma forma de coração sobreposta à lua distante, aludindo a Kingdom Hearts.
Real Organização XIII Mestre Xehanort - Ansem, Seeker das Trevas - Xemnas - Xigbar - Luxord - Larxene - Marluxia - Saïx - Terra-Xehanort - Dark Riku - Vanitas - Jovem Xehanort - Xion Demyx - Vexen - Replica Xehanorts
Outros vilões
Maleficent - Pete - Hades - Rock Titan - Ice Titan - Lava Titan - Tornado Titan - Mother Gothel - Randall Boggs - Hans - Davy Jones - Cutler Beckett - Kraken - Dark Baymax - Anti-Aqua
Personagens não jogáveis
Aeleus - Anna - Ansem, o Sábio - Apollo, Athena e Hermes - Boo - Capitão Barbossa - Agente CDA - Chip e Dale - Chirithy - Margarida - Dilan - Elizabeth Swann - Elsa - Efêmero - Eraqus - Even - Foreteller Aced - Foreteller Gula - Foreteller Invi - Foreteller Ira - Fred - Go Go Tomago - Gopher - Green Army Men - Hamm - Hayner - Hiro Hamada - Honey Lemon - Huey, Dewey e Louie - Ienzo - Isa - Jiminy Cricket - Kristoff - Lingering Will - Little Chef - Homenzinhos verdes - Lumpy - Luxu - Master of Masters - Maximus - Megara - Merlin - Minnie Mouse - Moogle - Mr. Gibbs - Naminé - Olaf - Olette - Pascal - Pegasus - Pence - Filoctetes - Leitão - Plutão - Coelho - Rex - Riku Réplica - Roo - Tio Patinhas - Sven - Terra - Tia Dalma - Tigger - Wasabi - Will Turner - Ursinho Pooh - Yen Sid - Yozora - Zeus
Países
Olympus - Dark World - Twilight Town - Toy Box - Reino de Corona - Monstropolis - Arendelle - O Caribe - San Fransokyo - 100 Acre Wood - Keyblade Graveyard - The Final World - Scala ad Caelum - Mysterious Tower - Disney Castle - Radiant Garden - Destiny Ilhas - Terra de Partida - Quadratum
Condições
Black Box - Livro de Profecias - Heartless - Ninguém - Dream Eater - Keyblade - Keyblade Master - Keyblade War - Chave do Reino - Reino das Trevas - Unversed
Real Organização XIII Mestre Xehanort - Ansem, Seeker das Trevas - Xemnas - Xigbar - Luxord - Larxene - Marluxia - Saïx - Terra-Xehanort - Dark Riku - Vanitas - Jovem Xehanort - Xion Demyx - Vexen - Replica Xehanorts
Outros vilões
Maleficent - Pete - Hades - Rock Titan - Ice Titan - Lava Titan - Tornado Titan - Mother Gothel - Randall Boggs - Hans - Davy Jones - Cutler Beckett - Kraken - Dark Baymax - Anti-Aqua
Personagens não jogáveis
Aeleus - Anna - Ansem, o Sábio - Apollo, Athena e Hermes - Boo - Capitão Barbossa - Agente CDA - Chip e Dale - Chirithy - Margarida - Dilan - Elizabeth Swann - Elsa - Efêmero - Eraqus - Even - Foreteller Aced - Foreteller Gula - Foreteller Invi - Foreteller Ira - Fred - Go Go Tomago - Gopher - Green Army Men - Hamm - Hayner - Hiro Hamada - Honey Lemon - Huey, Dewey e Louie - Ienzo - Isa - Jiminy Cricket - Kristoff - Lingering Will - Little Chef - Homenzinhos verdes - Lumpy - Luxu - Master of Masters - Maximus - Megara - Merlin - Minnie Mouse - Moogle - Mr. Gibbs - Naminé - Olaf - Olette - Pascal - Pegasus - Pence - Filoctetes - Leitão - Plutão - Coelho - Rex - Riku Réplica - Roo - Tio Patinhas - Sven - Terra - Tia Dalma - Tigger - Wasabi - Will Turner - Ursinho Pooh - Yen Sid - Yozora - Zeus
Países
Olympus - Dark World - Twilight Town - Toy Box - Reino de Corona - Monstropolis - Arendelle - O Caribe - San Fransokyo - 100 Acre Wood - Keyblade Graveyard - The Final World - Scala ad Caelum - Mysterious Tower - Disney Castle - Radiant Garden - Destiny Ilhas - Terra de Partida - Quadratum
Condições
Black Box - Livro de Profecias - Heartless - Ninguém - Dream Eater - Keyblade - Keyblade Master - Keyblade War - Chave do Reino - Reino das Trevas - Unversed